UPGMA和邻居加入树的区别|比较类似术语之间的差异

这关键区别between UPGMA and neighbor joining tree is the type of the系统发育树由每种方法产生。UPGMA是构建一个的技术生根系统发育树而邻居连接树是构建未根系的系统发育树的技术。

Phylogenetic trees are tree-like diagrams that show evolutionary relationships between organisms. A phylogenetic tree can have different topologies depending on the technique used for tree construction. UPGMA and neighbor joining tree are two main methods that build phylogenetic trees.

1。概述和关键差异
2。什么是upgma
3。什么是邻居加入树
4。Upgma和邻居加入树之间的相似之处
5。并排比较 - UPGMA与邻居以表格形式连接树
6.Summary

什么是upgma？

在生物信息学中，有不同的聚类技术。UPGMA代表Unweighted Pair Group Method and Arithmetic Mean。这是一种分层分组方法。该方法是由Sokal和Michener引入的。这是发展系统发育树的最快技术。最终的系统发育树是带有共同祖先的根源系统发育树。

When drawing a phylogenetic tree using the UPGMA method, it considers evolutionary rates as the same for all the lineages. Thus, this is an important assumption made in the UPGMA technique. However, this is also the main drawback of the technique as mutation rate is not considered during the tree construction. Instead, it assumes the mutation rate as a constant. Further, this hypothesis is termed as the “Molecular clock hypothesis”. Therefore, in the real context, the phylogenetic tree constructed from a UPGMA method may not be accurate and reliable.

Key Difference - UPGMA vs Neighbor Joining Tree

Figure 01: A Phylogenetic Tree Drawn from UPGMA

UPGMA方法考虑了配对距离以产生系统发育树。最初，每个物种都是一个簇，两个具有最小进化距离的簇形成了一对。因此，这取决于距离矩阵。算法表达式在解释使用UPGMA方法绘制的系统发育树的数据中起着重要作用。

什么是邻居加入树？

邻居连接树是另一种用于生产系统发育树的聚类技术。Naruya Saitou和Masatoshi Nei是引入该方法的先驱。与Upgma不同，该技术会产生一棵未根的树。此外，此方法中的聚类不依赖于超距离。但是，它考虑了构造系统发育树时进化速率的变化。因此，使用此技术绘制的树存在变化。因此，该方法使用特殊的数学算法来评估这些变化。

图02：从邻居连接方法中绘制的系统发育树

在构造树时，此方法将分别考虑每个谱系之间的距离。每个谱系都连接到树中新建的节点。所有这些节点加入中央节点。因此，当出现新节点时，从中央节点到新节点的距离很重要，并且使用算法计算。这些算法数据决定了新节点的放置。

UPGMA和邻居加入树之间有什么相似之处？

两种方法在构造系统发育树时都使用聚类技术。
此外，两种方法都需要使用数学算法来解释系统发育树。
DNA序列数据在两种方法中都起着重要作用。
两种方法都会产生自下而上的聚类方法。
此外，使用两种技术都可以分析大数据集。
可以使用Bootstrap方法对两种类型的树进行统计数据分析。
两者在分类和鉴定生物中都起着重要作用。
Moreover, both methods provide data on the evolutionary relationships of organisms.

UPGMA和邻居之间的区别是什么Joining Tree?

这关键区别between UPGMA and neighbor joining tree relies on the type of tree constructed. So, UPGMA produces a rooted tree while neighbor joining tree produces an unrooted tree. Moreover, UPGMA is a less reliable method while neighbor joining tree is a reliable method than UPGMA. So, this is another difference between UPGMA and neighbor joining tree.

这below info-graphic summarizes the difference between UPGMA and neighbor joining tree.

摘要 - UPGMA与邻居加入树

UPGMA和邻居连接树方法是两种在系统发育树构造过程中很重要的技术。虽然UPGMA方法不考虑进化速率，但邻居连接方法在树木结构期间考虑了它。因此，由NJ树方法产生的系统发育树的复杂性和可靠性很高。但是，它不如UPGMA方法快。此外，UPGMA和邻居连接树之间的关键区别取决于每种技术产生的树类型。UPGMA会导致根源的系统发育树，而邻居连接树方法会导致无根的系统发育树。