关键区别 - Sanger测序与焦磷酸测序
DNA测序对于DNA分析非常重要,因为了解正确核苷酸安排特定脱氧核糖核酸地区揭示了许多重要的信息。有不同的DNA测序方法。Sanger测序和焦磷酸测序是在分子生物学中广泛使用的两种不同的DNA测序方法。Sanger测序和焦磷酸测序之间的关键区别在于Sanger测序使用二乙氧基核苷酸终止DNA的合成以读取核苷酸序列,同时焦磷酸测序通过掺入核苷酸并合成补充序列来读取序列的精确顺序。
内容
1。概述和关键差异
2。什么是Sanger测序
3。什么是焦磷酸测序
4。并排比较 - Sanger测序与焦磷酸测序
5。概括
什么是Sanger测序?
Sanger测序是Frederick Sanger及其大学于1977年开发的第一代DNA测序方法。它也被称为链终止测序或者Dideoxy测序由于它基于二乙氧基核苷酸(DDNTP)的链终止。该方法被广泛使用了30多年,直到新一代测序(NGS)发展了。Sanger测序技术可以发现正确的核苷酸顺序或特定DNA片段的附着。它基于DDNTP的选择性掺入和DNA合成的终止体外基因复制。在相邻核苷酸之间继续存在3’OH组可以继续形成磷酸二酯键是DDNTP的独特特征。因此,一旦连接了DDNTP,链条伸长率就停止并终止。Sanger测序中使用了四个DDNTP - DDATP,DDCTP,DDGTP和DDTTP。这些核苷酸停止了基因复制当将它们掺入生长的DNA链中并导致短长度变化时,它们的过程。毛细管凝胶电泳如图01所示,用于通过凝胶上的大小来组织这些短的DNA链。
为了体外复制DNA,不应提供很少的要求。它们是DNA聚合酶,模板DNA,寡核苷酸引物和脱氧核苷酸(DNTPS)。在Sanger测序中,DNA复制分别在四个单独的测试管中以及四种类型的DDNTPs进行。脱氧核苷酸并未完全被相应的DDNTP所取代。在管中包含特定DNTP(例如; Datp + ddatp)的混合物并复制。四个单独的管子产品在四个单独的井中凝胶上运行。然后,通过阅读凝胶,可以如图02所示构造序列。
Sanger测序是一项重要技术,可帮助分子生物学的许多领域。人类基因组项目在基于Sanger测序的方法的帮助下成功完成。Sanger测序也可用于目标DNA测序,癌症和遗传疾病研究,基因表达分析,人类鉴定,病原体检测,微生物测序等。
桑格sequenci有几个缺点ng:
- 测序的DNA的长度不能超过1000个碱基对
- 一次只能测序一条线。
- 该过程耗时且昂贵。
因此,随着时间的流逝,开发了新的先进测序技术来克服这些问题。但是,Sanger测序仍在使用,因为其高度准确的结果高达约850个基对长度片段。
什么是焦磷酸测序?
焦磷酸测序是一种基于“合成测序”的新型DNA测序技术。该技术依赖于在核苷酸掺入后检测到焦磷酸盐释放。该过程由四种不同的酶采用:DNA聚合物,ATP硫酶,荧光素酶和Apyrase以及两种底物腺苷5'磷酸硫酸盐(APS)和荧光素蛋白。
该过程始于引物与单链DNA模板的结合,而DNA聚合酶开始掺入与之互补的核苷酸。当核苷酸连接在一起(核酸聚合)时,它会释放焦磷酸盐(两个磷酸基团体结合在一起)和能量。每种核苷酸添加均释放等摩尔量的焦磷酸盐。在存在底物AP的情况下,焦磷酸通过ATP硫酶转化为ATP。生成的ATP驱动了荧光素酶介导的荧光素蛋白转化为羟基二氧蛋白,从而产生可见光的量,其量与ATP的数量成正比。光子检测设备或光电培养基检测到光,并创建图形图。Apyrase在反应混合物中降解ATP和非掺入DNTP。DNTP添加一次一次。由于根据光的掺入和检测是添加核苷酸的,因此可以确定模板的序列。图谱用于生成样品DNA的核苷酸序列,如图03所示。
焦磷酸测序在单核苷酸多态性分析和简短DNA的测序中非常重要。高精度,灵活性,易于自动化和并行处理是焦磷酸测序比Sanger测序技术的优点。
Sanger测序和焦磷酸测序有什么区别?
s愤怒测序与焦磷酸测序 |
|
Sanger测序是一种基于DNA聚合酶和链终止对DDNTP的选择性掺入的DNA测序方法。 | 焦磷酸测序是一种基于掺入核苷酸后焦磷酸盐释放的DNA测序方法。 |
使用DDNTP | |
DDNTP用于终止DNA复制 | 不使用DDNTP。 |
涉及的酶 | |
使用DNA聚合酶。 | 使用了四种酶:DNA聚合酶,ATP硫酶,荧光素酶和Apyrase。 |
使用的底物 | |
不使用APS和Luciferin。 | 使用腺苷5'磷硫酸盐(AP)和荧光素。 |
最高温度 | |
这是一个缓慢的过程。 | 这是一个快速的过程。 |
摘要 - Sanger测序与焦磷酸测序
Sanger测序和焦磷酸测序是分子生物学中使用的两种DNA测序方法。Sanger测序通过终止链伸长来构建核苷酸的顺序,而焦磷酸测序通过掺入核苷酸并检测到焦磷酸盐的释放来构建核苷酸的精确顺序。因此,Sanger测序和焦磷酸测序之间的主要区别在于,Sanger测序在链终止上进行测序作品,而焦磷酸测序通过合成进行了测序。
参考:
1.医学博士Fakruddin和Abhijit Chowdhury。“焦磷酸测序 - 替代传统的Sanger测序。”美国生物化学与生物技术杂志。科学出版物,2012年3月2日。2017年2月28日。
2.“桑格测序。”。Sanger测序 - 科学领域。N.P.,N.D。网络。2017年2月28日
图片提供:
1. Christoph Goemans(Modifiziert)的“ Didesoxy-Methode” - Norman Mauder博士,Auf Basic einer Datei von von Christoph Goemans(CC BY-SA 3.0)通过下议院维基梅迪亚
2.恩佐(Enzo(CC BY-SA 3.0)通过下议院维基梅迪亚
3.微生物学Bytes的“ pyrosequencing”(CC BY-SA 2.0)通过Flickr
发表评论