的关键的区别介于HG19和HG38之间HG19是一个有7个交替位点的人类参考基因组,而HG38是一个有207个交替位点的人类参考基因组。
参考基因组在为系统发育和生物信息学分析绘制DNA序列方面发挥着重要作用。它代表了生物体的一整套基因。换句话说,它是基因组生物体的序列。有不同的参考全基因组可免费用于基因组制图。NCBI的RefSeq数据库是这类参考基因组的常见来源之一。它包括不同生物的参考基因组,包括原核生物、真核生物和病毒。参考人类基因组主要有两种类型:HG19或GRCh37和HG38或GRCh38。它们是基因组参考联盟(GRC)开发的人类基因组集合。
内容
1.概述和主要区别
2.什么是HG19
3.什么是HG38
4.相似点- HG19和HG38
5.表格形式的HG19 vs HG38
6.总结- HG19 vs HG38
HG19是什么?
HG19,也被称为基因组参考联盟人类构建37 (GRCh37),是基因组参考联盟于2009年发布的参考基因组。这是一个具有交替位点的单倍体基因组。有7个区域描述了HG19参考基因组中的交替位点。通过测序获得HG19参考基因组克隆从人类基因组计划中获得的。此外,PCR产物和猎枪序列也被用于构建HG19参考基因组。
HG19参考基因组总序列长度为3,101,788,170 bps,由249个支架组成。此外,支架之间有271个缝隙。考虑到组成序列的克隆数,有27,054个克隆。参考基因组由24条染色体组成质粒.
HG38是什么?
HG38,又称基因组参考联盟人类构建38 (GRCh38),是基因组参考联盟在2017年开发的最新的人类参考基因组。基因组中添加了几个位点,并于2022年3月发布了最新的更新。有207个区域描述了交替位点,比HG19版本有了很大的改进。HG38参考基因组在基因组中有349个缺口。这些间隙大多在端粒、着丝粒和长重复序列之间。PCR产物和霰弹枪序列被用来填补必要的空白。
HG38参考基因组总序列长度为3099,734,149 bps,由473个支架组成。考虑到组成序列的克隆数,有35614个克隆。HG38参考基因组由24条染色体和质粒组成。
HG19和HG38有什么相似之处?
- HG19和HG38是DNA序列。
- 这两个基因组都是在人类基因组计划完成后获得的。
- 此外,它们还可以作为人类基因组的参考序列。
- 这两个序列都是由基因组参考联盟开发的。
- 此外,它们由参考基因组中的缺口组成。
- HG19和HG38的基因组中都有24条染色体和质粒。
- HG19和HG38在生物信息学和系统发育分析中有着广泛的应用。
HG19和HG38有什么区别?
HG19参照基因组有7个交替位点区,HG38参照基因组有207个交替位点区。因此,这是HG19和HG38的关键区别。HG19参考基因组是2009年开发的,而HG38参考基因组是2017年开发的。此外,HG19基因组的支架之间有271个缺口,而HG38基因组的支架之间有349个缺口。
下面的信息图以表格形式将HG19和HG38的差异进行并排比较.
总结- HG19 vs HG38
HG19和HG38是基因组参考联盟开发的人类参考基因组。为了完成生物信息学和系统发育分析,它们在人类基因定位中起着重要作用。HG19参照基因组有7个区域,位点交替。HG38参照基因组有207个区域,其位点交替。HG19参考基因组于2009年开发,而HG38参考基因组于2017年开发。每个参考基因组支架之间的间隙数量也不同。在这方面,HG38有更多展现先进性能的缺口。所以,这总结了HG19和HG38的区别。
参考:
1.Caetano-Anolles,德里克。”人类基因组参考构建- GRCH38或hg38 - B37,“GATK。
2.努尔克,谢尔盖等人。“人类基因组的完整序列。冷泉港实验室BioRxiv。
3.”GRCH37 - HG19 -基因组-组装- NCBI美国国家医学图书馆国家生物技术信息中心。
4.”GRCH38 - hg38 -基因组组装- NCBI美国国家医学图书馆国家生物技术信息中心。
图片来源:
1.”集成基因组浏览器9.1.0显示人类基因组组装hg38的1号染色体作者:Aloraine——自己的作品(4.0 CC冲锋队)通过共享维基
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